Alégtechnika szerelés művelete nem merül ki a szerkezet beszerelésében. Ugyanis annak fontos részét képezi a későbbiekben történő karbantartás is. A szisztéma tisztítása a nagyobb szennyeződések és a mikroszennyeződésekeltávolítását is magába foglalja . Előbbiek eltüntetéséhez ipari porszívót használunk, míg utóbbiakat speciális tisztítószerekkel távolítjuk el. Ezeknek a vegyületeknek a feladata az egységek tisztítása mellett, azok alapos fertőtlenítésére is kiterjed.